Ήταν 2.45 λίγο πριν ξημερώσει η Κυριακή 30 Σεπτεμβρίου του 1856. Ένας φοβερός σεισμός, που σύμφωνα με τα γραπτά του Ελευθέριου Πλατάκη, στα Κρητικά Χρονικά, ήταν περίπου της κλίμακας των 7,7 ρίχτερ, ισοπέδωσε σχεδόν τον Χάνδακα.
Πολλά χωριά και πόλεις της Κρήτης ερήμωσαν. Ο Χάνδακας αναστέναξε βαριά για μια ακόμα φορά. Οι γραφές αναφέρουν πως εκτός από τα σπίτια και τις εκκλησιές που κατέρρευσαν σαν χάρτινα κτίρια σκοτώθηκαν πάνω 500 άνθρωποι και τραυματίστηκαν περίπου 600 γιατί η ώρα ήταν τέτοια που όλοι σχεδόν βρισκόντουσαν στα σπίτια τους και κοιμόντουσαν.
Κι άλλοτε το νησί είχε πληγεί από μεγάλους σεισμούς όπως την εποχή του Νέρωνος στα 66 μ.Χ., ή την εποχή του Δεκίου το 251 μ.Χ., με την καταστροφή εκτός πολλών πόλεων και αυτή της Κνωσού. Σημαντικές καταστροφές έγιναν και με άλλους μεγάλους σεισμούς όπως αυτούς το 1303 και το 1508. Τούτος εδώ όμως είχε πολύ μεγάλη σημασία για του κατοίκους της Κρήτης και ιδιαίτερα του Χάνδακα γιατί ήταν ήδη πολύ ταλαιπωρημένοι από τις κακουχίες εξαιτίας των Τούρκων και της καθημερινής δυσχέρειας που ζούσαν ,ώστε ο σεισμός ήταν κάτι σαν ταφόπετρα πάνω τους και κυριολεκτικά αλλά και μεταφορικά.
Ο ιστορικός Νικόλαος Σταυράκης διηγείται και περιγράφει την μεγάλη καταστροφή του Χάνδακα λέγοντας πως από τα 3620 σπίτια του έμειναν όρθια μόνο τα 18 και οι φωτιές που ξέσπασαν σε διάφορα σημεία της πόλης συμπλήρωσαν την καταστροφή , καίγοντας ακόμα και καταστήματα στο Μεϊντάνι κι αλλού που ο αριθμός τους έφτασε τα 48. Ο μικρός ναός του Αγίου Μηνά υπέστη τέτοια καταστροφή που κρίθηκε ετοιμόρροπος , το ίδιο και η Μητρόπολη του Αγίου Τίτου που ονομαζόταν τότε Βεζίρ Τζαμί. Επίσης ο παλιός ναός του Αγίου Φραγκίσκου το Χουγκιάρ Τζαμίισοπεδώθηκε. Ο Ναός του Αγίου Τίτου ξαναχτίστηκε αργότερα στα 1869 με διαταγή του Βεζύρη Ααλή –Πασά. Κατέρρευσε κι ότι είχε απομείνει από το Δούκικο Ανάκτορο καθώς και η θολωτή Πύλη Voltone από το κτίριο Ακτάρικα. Κανένας δεν μπορούσε να υπολογίσει τον τεράστιο απολογισμό αυτής της τόσο μανιώδους καταστροφής.
Μεγάλες καταστροφές υπέστη και η ύπαιθρος. Χωριά όπως οι Βούτεςσχεδόν κατεστράφησαν , αφήνοντας πίσω τους 42 νεκρούς και εκατοντάδες τραυματίες .Ο σεισμός έγινε αισθητός με τραυματίες και καταστροφές και στον νομό Λασιθίου και των Χανίων.
Η πόλη του Χάνδακα είχε ήδη αναστενάξει για μία ακόμα φορά. Στο διάστημα τούτο ήταν διοικητής της Κρήτης που είχαν διορίσει οι Τούρκοι ο περίφημος Βελής πασάς ,γεννημένος στα Χανιά και γιός του Αλβανού Μουσταφά Ναϊλή Πασά,αποκαλούμενος “Γκιριτλής”. Ως γνωστόν είχε μείνει πάρα πολλά χρόνια στην Κρήτη η πρώτη του γυναίκα ήταν η Ελένη Βολανάκη από τα Σκουλούφια Ρεθύμνου. Μνημόνευαν για αυτόν και έλεγαν πως ήταν συνετός, σπουδαγμένος , πολύγλωσσος .Ήταν επίσης πολύ σκληρός και δημιούργησε πολλές έχθρες και φόβους στους Χριστιανούς με την αμείλικτη στάση του απέναντί τους. Η δεύτερη μεγάλη δοκιμασία που περίμενε όλους ήταν σεισμός της 30ης Σεπτεμβρίου του 1856 που έκανε τα πράγματα ακόμα πιο δύσκολα.
Γράφει ο Στέφανος Ξανθουδίδης στα Ιστορικά του Σημειώματα για τον Χάνδακα :
« Η πόλις της πρωίαν της 1ης Οκτωβρίου 1856 ήτο άμορφος όγκος λίθων και ξύλων και χωμάτων και ευκολότερον εβάδιζε τις δια μέσου των οικιών παρά δια των οδών, αι οποίαι είχον σκεπασθή τελείως »
Από τους επιφανείς Ηρακλειώτες που βοήθησαν τους πληγέντες της φοβερής αυτής καταστροφής ήταν ο Ανδρέας Καλοκαιρινός. Στα «Κρητικά Χρονικά » ο Στέργιος Σπανάκης αναφέρει : «… Υπέρ των θυμάτων του μεγάλου σεισμού της 30 Σεπτεμβρίου 1856, διέθεσεν εκ των αποθηκών του μεγάλην ποσότηταν ενδυμάτων, αλεύρου, ελαίου και οίνου, εκτός των χρημάτων , τα οποία διένειμε αυτοπροσώπως. Εκάλεσε τα πληρώματα των εν τω λιμένι ελληνικών πλοίων και ειργάσθησαν όλη την ημέραν υπέρ των παθόντων. Εχορήγησεν οικόπεδα και οικοδομήσιμον ξυλείαν δια την κατασκευήν παραπηγμάτων. Διενήργησεν έρανον μεταξύ των ανταποκριτών του, συλλέξας και άλλα χρήματα δια τους σεισμοπαθείς. Δεν διέφυγε την οξυδέρκειάν του, ούτε το ζήτημα της ρυμοτομίας της πόλεωνς, επ ευκαιρία των καταστροφών του σεισμού. Συνέστησεν εις τον τότε Νομάρχην Βελή Πασάν και εκάλεσεν τον Άγγλο αρχιτέκτονα Λιονέρ, προς εκπόνησιν νέου ρυμοτομικού σχεδίου της πόλεως , το οποίον όμως δεν άφηκαν να εφαρμοσθή οι μωαμεθανοί κάτοικοι …»
Ένα περιστατικό που αφορά τη ζωή και απόδραση του τελευταίου Χαϊνη του Χάνδακα ή Μεγάλου Κάστρου, του Μιχαήλ Βλάχου, συνδέεται άμεσα με τον φοβερό σεισμό αφού την περίοδο εκείνη βρισκόταν φυλακισμένος μαζί με πολλούς άλλους στο Διοικητήριο. Σύμφωνα με το βιβλίο του ο Νικόλαος Σταυρινίδης : « Μιχαήλ Βλάχος , ο τελευταίος Χαϊνης με το τραγικό τέλος», λέει :
« …Ο Βλάχος ευρίσκετο τότες εις την Πράσινην λεγόμενη φυλακήν που έκειτο εις την αυλήν του Διοικητηρίου ( Πασσά την Πόρτα). Με την πρώτη δόνηση του σεισμού οι φρουροί της φυλακής εγκατέλειψαν τας θέσεις των. Οι φυλακισμένοι τότε εζήτησαν την βοήθεια του Βλάχου δια να τους σώση. Με την τεράστια μυϊκήν δύναμην που είχε κατόρθωσεν ούτος να αποσπαση τας σιδηράς ράβδους ενός παραθύρου της φυλακής και από το γενόμενον άνοιγμα ήρχισαν οι φυλακισμένοι να εξέρχονται εις την αυλήν. Δεν είχον όμως εξέλθει όλοι όταν συνεπεία δευτέρας δονήσεως του σεισμού ήρχισεν να καταρρέη η στέγη του οικοδομήματος. Τότε ο Βλάχος δια του σώματος αυτού υπεστήριξε την καταρρέουσαν στέγη μέχρις ότου διεκπεραιώθησαν όλοι οι εγκάρθητοι εις την αυλήν. Επηκολούθησαν δύο τελευταίαι ισχυτόταται δονήσεις και το κτίριον της φυλακής κατέρρευσεν εκ θεμελίων.Ο Βλάχος τότε και οι διασωθέντες εκ βεβαίου θανάτου φυλακισμένοι, ελέυθεροι πλέον διεσκορπίσθησαν εις την πόλιν του Ηρακλείου… »
Το αποτέλεσμα της σφοδρότατης αυτής σεισμικής δόνησης ήταν να υποστούν σημαντικές βλάβες σε ολόκληρη την Κρήτη 11.317 σπίτι από τα οποία τα 6.512 κατεστράφησαν ολοσχερώς. Ο τελειωτικός αριθμός των νεκρών ανέβηκε στους 538 και των τραυματιών 637.
